De Multidisciplinaire richtlijn Depressie is een belangrijke samenvatting geworden van de beschikbare kennis over de behandeling van depressie. Punten van kritiek zijn de keuzes die bij de selectieve heropnameremmers gemaakt worden voor fluvoxamine, paroxetine en sertraline en niet voor citalopram, en de voorkeur voor antidepressiva boven psychotherapie of de combinatie van antidepressiva en psychotherapie. Daarnaast is er weinig samenhang tussen de verschillende behandelaspecten en is er weinig aandacht voor de problemen van depressiebehandeling in de dagelijkse praktijk. Dat beperkt de toepasbaarheid van de richtlijn.